Após a relação sexual que transmite a doença, demora entre um dia e duas semanas até aparecer o cancro mole, normalmente na glande do pênis, escroto ou lados do pênis no homem, ou nos lábios maiores ou menores da vulva na mulher. No homem costumam ser apenas 1 ou 2 dias, mas na mulher podem ser até quatro dias, mas com menos sintomas.
O cancro mole é uma úlcera dolorosa, com cerca de 3-50 milímetros, que sangra facilmente, ocorrendo na região genital. Os seus bordos são irregulares mas bem definidos contra a pele normal. A base apresenta um material amarelado-esverdeado purulento.
Os gânglios linfáticos regionais ficam, em um terço dos casos, inchados e facilmente palpáveis. Nos estágios avançados não tratados podem irromper na pele drenando pus.
Amostras recolhidas diretamente do cancro mole são analisadas após cultura em meio especial com o microscópio e técnicas de bioquímica.